Le conseil scientifique, dont s'est dotée la Société Nationale d'Horticulture de France dès sa création, pour étudier « les applications à l'horticulture des sciences physiques et naturelles », mobilise les compétences de l'Interprofession et de la recherche sur les problèmes de société touchant à la nature et aux thèmes d'actualité.

Composé de personnalités du monde scientifique et professionnel, il a pour mission d'aider à « mieux comprendre pour mieux agir ».

Chaque année, le conseil scientifique organise un colloque qui mobilise les sociétaires, témoignant de l'engagement de la SNHF en faveur de la promotion des plantes et de son soutien aux travaux scientifiques et technologiques d'actualité. Il remet aussi un prix de thèse et un prix d'affiche scientifique.